En plus des cantons et les communes, la Confédération prélève des impôts directs et indirects auprès des contribuables.

Les impôts fédéraux directs comprennent l'impôt sur le revenu des personnes physiques, l'impôt sur les bénéfices des personnes morales, la taxe sur les jeux d’argent et la taxe sur l’exemption de l’obligation de servir. Le montant des impôts directs tient compte de la situation financière du contribuable (progression fiscale).

En outre, le gouvernement fédéral prélève des impôts indirects qui sont perçus, par exemple, sur la consommation ou l’utilisation de biens ou de services. L'impôt indirect le plus important est la TVA. Les impôts fédéraux indirects comprennent également l’impôt à la source, les droits de timbre, la taxe sur le tabac, la taxe sur la bière, la taxe sur les huiles minérales, la taxe automobile et les taxes sur les spiritueux.

Les recettes ordinaires de la Confédération s'élèvent à environ 74,1 milliards de francs par an (estimation pour 2019, FFA). L'impôt fédéral direct en représente environ 32 %. Avec la TVA (31%), ce sont les sources principales de recettes de la Confédération.

Il existe de grandes différences entre les cantons en ce qui concerne leur géographie, leur population et leur structure économique. Ces différences se reflètent donc dans la performance financière des cantons.

La péréquation financière nationale vise à garantir que tous les cantons disposent de ressources financières suffisantes pour s'acquitter de leurs tâches. De plus, les inégalités financières et économiques entre les cantons doivent être réduites.

L'égalisation des ressources est un instrument central à cet effet. Au total, 4,2 milliards de francs ont ainsi été distribués en 2019 aux cantons à faibles ressources. Cet instrument est financé par la Confédération (2,5 milliards de francs) et les cantons à fortes ressources (1,7 milliard de francs).

Elle assure ainsi une redistribution des richesses entre les cantons à fortes ressources vers les cantons à faibles ressources. Actuellement, six cantons (BS, GE, NW, OW, OW, SZ, ZG et ZH) appartiennent aux "cantons donateurs", tandis que les autres cantons reçoivent des fonds de la péréquation des ressources.

Les six cantons contributeurs réclament depuis un certain temps une réduction de leurs contributions. A partir de 2020, il y aura une certaine réduction due à un ajustement de la compensation des ressources. Toutefois, comme les différences financières restent importantes et, dans certains cas, continuent d'augmenter, les conflits de répartition entre les cantons ne manqueront pas à l'avenir de se multiplier.

Aujourd'hui, les revenus et les biens des couples mariés sont taxés ensemble. Avec l'introduction de l'imposition individuelle, toutes les personnes - y compris les couples mariés - seraient imposées en tant que personnes individuelles. La fiscalité serait donc indépendante de l’état civil (mariage, personne célibataire, concubinat, partenariat enregistré).

Le taux moyen d'imposition sur les bénéfices de tous les cantons est d'environ 17 pour cent en 2019 : le canton de Lucerne a le taux d'imposition sur les bénéfices le plus bas (12 pour cent) et le canton de Genève le plus élevé (environ 24 pour cent). En favorisant des taux d'imposition bas, les cantons tentent d'attirer de nouvelles entreprises. Dans ce cadre, les entreprises sont imposées sur le lieu où elles créent de la valeur, c'est-à-dire au siège de l'entreprise ou sur le lieu où elles exercent leurs activités commerciales.

La plus grande partie de l'impôt sur les entreprises est prélevée par les cantons et les communes. Il en résulte une concurrence fiscale intense à ces deux niveaux.