Thun hat bisher ein dreistufiges Oberstufenmodell, unterteilt in Real- und Sekundarschule, sowie spezielle Sekundarschule. Letztere dient der Vorbereitung auf den gymnasialen Unterrichts.

Bis zum Jahr 2017 war es im Kanton Bern möglich, das erste Gymnasialjahr (Quarta) an der Oberstufenschule zu absolvieren. Eine neue kantonale Regelung schreibt nun aber vor, dass die Quarta am Gymnasium absolviert werden muss. In Thun wird deshalb argumentiert, dass mit dieser neuen kantonalen Regelung die spezielle Sekundarstufe nicht mehr sinnvoll ist.